資源植物学特論

科目名
Course Title
授業コード 単位数 配当年次 開講期間
Term
科目分類 ナンバリング
コード
曜日
コマ
教室 担当教員氏名
Instructor
資源植物学特論
Topics in Economic Botany
P221240001 1 1 後期授業 専門科目 LAPLA6216-J1 火2 B11-2B 青木 考
尾形 善之

オフィスアワー

青木 火曜12:00-13:00

授業目標

対面で実施する予定。但し, 状況をみてオンラインで行う場合もある。

 有用植物の種類と成立過程および資源としての利用可能な植物の多様性について、遺伝的特性、栽培上の特性を講述し、広汎な植物資源の活用と野生遺伝資源植物の保全手法などを習得させる。また、資源植物の遺伝的多様性の解析方法、栽培による特性発揮の方法と学術的背景についても理解させる。以下の能力を身につけることを目標とする。
1.突然変異集団に必要な数的規模を見積もれるようにする。
2.原因遺伝子を特定するための実験を設計できるようにする。
3.公共データベースから遺伝子機能情報を取得できるようにする。

教科書

特定のテキストは指定しない。必要に応じて、文献や資料あるいは書籍を提示する。

参考書

参考書は、必要に応じて提示する。

関連科目

専攻が提供する全ての科目

授業時間外の学習(準備学習等について)

各回についての授業時間外の学習を個別に指示する。

授業の概要

植物の研究を効率的に進めるために、遺伝的多様性ならびに形質多様性を持った系統の資源化は必須である。そして資源として活用していくためには収集した系統への情報付加が重要である。そこで本講義では、植物系統を収集して各種情報を付加するための研究、それらの情報から各系統の遺伝子発現やタンパク質蓄積を解析する方法、そして多様な系統の性質を栽培によって活用する方法を講述する。

授業計画

第1回 (青木)講義の概要説明、植物の資源化について。近縁野生種、突然変異系統、ならびに突然変異誘発系統の収集の際に考慮すべき事に関して解説を行なう。(目標)同じ科や種に属する系統間でも形質の多様性が大きい場合があることを理解し、突然変異誘発系統を作出する際の数的規模の設計の仕方などを知識として定着させる。 準備学習等 突然変異誘発系統の数的規模見積もりを各自の材料となる生物に即して実施してみること。
第2回 (青木)植物形質のデータ化。形質の記述をシステマティックに行なうための考え方や、目に見えない形質である成分含量等を実測するための方法を理解する。(目標)オントロジーという概念と、質量分析による成分定量方法について知識を定着させる。 準備学習等 イネ、シロイヌナズナ、トマトなどの遺伝子データベースを記載内容に留意して各自閲覧すること。
第3回 (青木)形質の違いをもたらす遺伝要因を推定する方法について学ぶ。(目標)ゲノムシークエンシングや部分的シークエンシングの結果に基づいて形質の多様化要因となっているゲノム部位を推定する方法の原理を理解する。 準備学習等 授業で紹介のあった一塩基多型ブラウザで、自身の関心のある遺伝子にみられる一塩基多型の同義性・非同義性を検討してみること。
第4回 (青木)遺伝子の水平伝播について、それが起こるメカニズムや、自然界に見られる実例について理解する。(目標)植物遺伝子について、公共データバンクでどう検索するか、および機能情報をどう活用するかを習熟する。 準備学習等 授業で紹介のあった公共データバンクを利用し、自身の関心のある遺伝子について情報収集する。
第5回 (尾形)ゲノム情報について学ぶ。(目標)どのくらいの量のゲノムデータが公共データバンクに蓄積されているかを理解し、ゲノム情報の解析・活用方法について習熟する。 準備学習等 前期のバイオインフォマティクス特論の第12回「ゲノム解読」の講義資料を参照する。
第6回 (尾形)トランスクリプトーム情報について学ぶ。(目標)トランスクリプトームとは何か、どのくらいの量のデータが公共データバンクに蓄積されているかを理解し、トランスクリプトーム情報の解析・活用方法について習熟する。 準備学習等 前期のバイオインフォマティクス特論の第2回「バイオデータベース」の講義資料を参照する。
第7回 (尾形)メタゲノム情報について学ぶ。(目標)メタゲノムとは何か、どのくらいの量のデータが公共データバンクに蓄積されているかを理解し、メタゲノム情報の解析・活用方法について習熟する。 準備学習等 前期のバイオインフォマティクス特論の第13回「メタゲノミクス」の講義資料を参照する。

成績評価

各回での、小レポートなどによって10点満点で評価し、7回分70点満点での点を100点満点に換算して成績評価する。素点とABCD評価の対応については履修要項に記載の対応に準拠する。C判定を得られるかどうかは、目標1から3の達成度をレポートから評価して判断する。C判定となるためには60点以上が必要である。

備考(実務経験の活用を含む)

授業開始前日までに受講申請を終えておくこと。